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=== 故事 ===
==== 夏篇 ====
故事发生在1999年夏天。失去记忆的主人公漂流至浦岛，于海滩上醒来。他被当地地位显赫的御原家收留，担任家主玖音和她的女儿凛音的仆人，并得名三千界切那。他结识了当地镇长的女儿枢都夏莲和当地神社的巫女伽蓝堂纱罗。切那得知当地存在一种特殊疾病“煤纹病”，而凛音误认为自己身患此病而拒绝在白天活动。切那、纱罗和夏莲三人经过努力成功让凛音克服内心的恐惧在白天参加露天派对，玩家此时可选择与纱罗或夏莲拉近关系，进入对应角色的线路。玩家在完成了上述二人的线路后便可与凛音拉近关系，开启游戏的主要剧情。

在凛音的线路中，主人公得知凛音在五年前邂逅了居住在附近小屋的一位名叫“切那”的男孩并坠入爱河。一天二人落海并漂流至附近的暴龙岛上，凛音后来回到浦岛但切那不知所踪，遂每日在沙滩寻找切那并认定漂流到浦岛的主人公就是她所爱的“切那”。一天，凛音得知主人公很可能曾[[时间旅行|返回过去]]在暴龙岛上杀害了真正的切那并将凛音送回浦岛，导致凛音精神崩溃，试图前往暴龙岛再次返回过去杀害过去的凛音以报复主人公，迫使主人公追到暴龙岛去解开误会，并发现时空穿越根本不存在。二人乘独木舟返回浦岛，但中途凛音跳海自杀。

在夏篇的结尾，玖音告诉切那，凛音实际上在暴龙岛上存放的一个冷冻睡眠装置中沉睡了五年，直到两个月前才被玖音救回，而真正的切那死在了暴龙岛上。玖音最初只是御原家的女仆，十年前真正的玖音跳海自杀，玖音顶替了她的身份至今。切那乘上冷冻睡眠装置前往未来，希望未来出现的时光机技术能让他返回过去，救下凛音。

==== 冬篇 ====
主人公于22016年从冷冻睡眠装置中苏醒，此时地球已经进入[[冰川期]]。主人公在雪地中被凛奈·奥哈拉救起，并被带入人造设施ISLAND中。凛奈让主人公顶替的她失踪的哥哥的身份，主人公得名“切那”，并得到了守卫教会修女莎拉·加兰德的工作。莎拉瞒着教会，定时为没有名牌的儿童送去食物，切那也结识了反抗组织的首领卡莲·库鲁兹。另一方面，凛奈正在收集材料制作[[时光机]]试图回到过去改善ISLAND居民的生活，切那也帮助凛奈建造时光机。

一天，因为切那的一句玩笑话，ISLAND发生暴动，莎拉被绑在柱子上烧死，凛奈和切那也被通缉。凛奈、切那、卡莲三人藏匿在制作时光机的工作间内，但很快卡莲患上了煤纹病并死亡。最终，凛奈成功制作出了时光机，并与切那相爱，二人发生了[[性关系]]。切那希望凛奈把他送回到他第一次来到ISLAND的时候，打算杀死当时的自己以阻止ISLAND的崩溃，但凛奈违背了他的愿望将他送到了夏篇的开始。

==== 真夏篇 ====
主人公漂流至浦岛并在海滩上苏醒，但未失去记忆。凭借自己的记忆，切那成功拉近了与夏莲和沙罗的关系，解决了她们的问题。切那得知煤纹病是[[伴性遗传|伴X染色体]][[显性]][[遗传病]]，推断出凛音没有御原家族的血统。他意识到穿越时空前的凛奈就是穿越时空后的凛音，二人最终举办了婚礼。

玩家若在游玩过程中满足了一定条件，则可进入游戏的真正结局。在真结局中，切那得知了真相：切那乘坐的时光机其实仍是冷冻睡眠装置，他并未回到两万年前，而是来到了两万年后的夏天，此时人类文明已经重启。凛奈意识到时光机的真相后乘坐另一台冷冻睡眠装置追随切那来到了夏天，但比切那早苏醒二十余年。凛奈苏醒后，被御原家收养为女仆，并在日后成为了现在的玖音。凛奈在被收留后不久便发现自己[[怀孕|怀有身孕]]，生下了凛音，凛音实际上是主人公切那与凛奈的女儿。此外，在真夏篇之前，切那已经经历了数十次类似的夏与冬的循环。

切那决定再次乘坐冷冻睡眠装置，他希望他在真夏篇做出的与之前循环不同的行动可以改变未来，在未来制造出真正的时光机，让他真正地返回过去，拯救所有的凛音与凛奈。在游戏的最后，主人公在冷冻睡眠装置中苏醒，在雪地中被自称“凛奈·奥哈拉”的女孩救起。

本作的动画版重写了游戏的结局。在动画版中，切那在得知真相后与玖音和好，二人最终结婚，开始蜜月旅行。