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==== 真夏篇 ====
主人公漂流至浦岛并在海滩上苏醒，但未失去记忆。凭借自己的记忆，切那成功拉近了与夏莲和沙罗的关系，解决了她们的问题。切那得知煤纹病是[[伴性遗传|伴X染色体]][[显性]][[遗传病]]，推断出凛音没有御原家族的血统。他意识到穿越时空前的凛奈就是穿越时空后的凛音，二人最终举办了婚礼。

玩家若在游玩过程中满足了一定条件，则可进入游戏的真正结局。在真结局中，切那得知了真相：切那乘坐的时光机其实仍是冷冻睡眠装置，他并未回到两万年前，而是来到了两万年后的夏天，此时人类文明已经重启。凛奈意识到时光机的真相后乘坐另一台冷冻睡眠装置追随切那来到了夏天，但比切那早苏醒二十余年。凛奈苏醒后，被御原家收养为女仆，并在日后成为了现在的玖音。凛奈在被收留后不久便发现自己[[怀孕|怀有身孕]]，生下了凛音，凛音实际上是主人公切那与凛奈的女儿。此外，在真夏篇之前，切那已经经历了数十次类似的夏与冬的循环。

切那决定再次乘坐冷冻睡眠装置，他希望他在真夏篇做出的与之前循环不同的行动可以改变未来，在未来制造出真正的时光机，让他真正地返回过去，拯救所有的凛音与凛奈。在游戏的最后，主人公在冷冻睡眠装置中苏醒，在雪地中被自称“凛奈·奥哈拉”的女孩救起。

本作的动画版重写了游戏的结局。在动画版中，切那在得知真相后与玖音和好，二人最终结婚，开始蜜月旅行。