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=== 蓋亞陣營 ===
總部位於[[那不勒斯]]，主張守護「鍵」（星球意識）讓其選擇所需的事物及發動「救濟」消滅人類，和「守護者」對立的組織，近期藉著將組織包裝成環保公司的名義向民眾宣揚教義。組織核心成員多為對人生充滿絕望的族群，除訓練魔物使和魔物締結契約，設有詠唱聖歌促使「鍵」發動「救濟」的「聖歌隊」以外，還有讓每任組織聖女選擇繼任者（多為智能有缺陷的少女）的制度，而獲選的聖女將會傳承源自歷任聖女的記憶。組織分為已退位的聖女加島櫻為首，主張讓「救濟」消滅人類的保守派；還有高層幹部洲崎周一郎為首，主張積極改革人類生存問題的改革派。地線裡由於「救濟」的發動及瑚太朗的滲透行動影響，「蓋亞」和「守護者」兩大組織也從此消失。

;鳳千早，詳參主要人物

;千里朱音，詳參主要人物

; {{nihongo|鳳咲夜|鳳咲夜（おおとり さくや）|聲優：[[小西克幸]]}}
: 黑髮紅瞳，容貌清俊的少年，自稱為千早的兄長，同時擔任執事身份服侍千早，擁有高超的運動、家務、知識和辦事能力。對待其他女主角們非常友善，唯獨經常對瑚太朗作出挖苦輕視的發言，同時很怕[[貓]]。真身為和千早締定契約，蓋亞組織的最強大魔物，變成魔物前曾是和瑚太朗同樣擁有「改寫」能力的人類。月線為了支援瑚太朗作戰，號召各世界線的可能性的自己迎戰，最終仍不敵陣亡，從此消失在世界上；地線的瑚太朗曾在啟動改寫能力時，見到咲夜的最後背影。

; {{nihongo|御堂|ミドウ|聲優： [[保志總一朗]] / [[西明日香]]（動畫版童年時期）}}
: 穿著紅色連帽斗篷的金髮少年，個性張狂具攻擊性，因為和擁有使役高溫熔岩的魔物福古締結契約，所以擁有操控火焰、熔岩、集結珪元素作為盾牌、指揮魔物追擊目標的能力。原本是海外中東地區的孤兒，和亞絲茗、天滿、天神是相依為命的兒時夥伴，為了求生接受蓋亞的號召加入海外分部與魔物締結契約，成為魔物使。因為過去的殘酷經歷，個性從此變得殘忍好戰，憎惡日本境裏的和平主義者。多數劇情線裏皆和瑚太朗為敵，但在千早線罕見選擇幫助瑚太朗避開敵方的追擊。
:地線裡因為瑚太朗與路易斯的努力，成功救出童年時的亞絲茗、御堂、天滿、天神，將四人安置在安全的都市，四人更加入瑚太朗成立的魔物使與超能力者和平共處的第三勢力。最終瑚太朗帶領五位女主角們登月球時，出現目擊此景的亞絲茗、御堂、天滿、天神的背影。

; {{nihongo|天滿|テンマ|聲優： [[最上嗣生]]（遊戲） / [[宮下弘充]]（動畫） / [[渡邉佳美]]（動畫版童年時期）}}
: 御堂的隨行者，專門在御堂行動時負責勸諫的黑髮少年，亞絲茗與御堂的兒時夥伴。地線裡被瑚太朗與路易斯所救的四名孤兒之一。

; {{nihongo|天神|テンジン|聲優：[[春日部勝利]]（遊戲） / [[鶴岡聰]]（動畫） / [[鈴木結衣子]]（動畫版童年時期）}}
: 御堂的隨行者，個性沉默寡言的光頭少年，亞絲茗與御堂的兒時夥伴。地線裡被瑚太朗與路易斯所救的四名孤兒之一。

; {{nihongo|志麻子|しまこ|聲優：[[渡边佳美]]}}
: 排在朱音之後的聖女後備者與侍女，非常黏人。地線最後成為被守護者發現的倖存者之一，跟隨綠地騎士團生活。

; {{nihongo|高砂|高砂（たかさご）|聲優：森小路旭（遊戲） / 藤井剛（動畫）}}
: 洲崎的秘書暨親信，是個擅長柔道，擁有過人力氣與可令毒氣無效化的魔物使。後期被眾人圍攻遇害。

;{{nihongo|福井子|福井子（ふく いこ）|聲優：遊戲(PSP/PSV版)：[[阿久津加菜]]；動畫：早瀨莉花}}
: 蓋亞旗下兒童護養設施「緣之家」的代表，聖歌隊的成員。曾經作為照護者負責養育朱音與千早，並委託瑚太朗協尋朱音的下落。地線後期和其他聖歌隊成員死於加島櫻發動的「救濟」。

;{{nihongo|地龍|地竜|聲優：アドレナ・リン}}
:蓋亞旗下擁有高度智慧與力量的高等魔物，為瑚太朗等人在劇中的主要敵人之一。

;{{nihongo|津久野|津久野（つくの）|聲優：[[上田典子]]}}
: 加島櫻的秘書，瑚太朗、今宮、西九條等人的昔日守護者同期生。本姓長居，擁有將指甲鋒利化的採伐系超能力，但因為無法熬過守護者的嚴苛訓練，精神深受打擊被迫退出組織，心灰意冷導致個性變得消極，資質反轉成魔物使。後被蓋亞收留，被加島櫻指派至旗下機構，擔任朱音的照顧者。地線裡和瑚太朗的雙親將瑚太朗推出人工來世。

; {{nihongo|洲崎周一郎|洲崎周一郎（すざき しゅういちろう）|聲優：[[紫ヒカル]]（遊戲） / [[上別府仁資]]（動畫版）}}
: 蓋亞的改革派領袖，雖然魔物使資質不高，但相較於其餘祈求世界毀滅的蓋亞成員，欲積極解決人類生存發展問題，主張將運用魔物的知識應用在生活方面，提升生活質量兼減少人口過剩的問題，作為實踐計劃的前提為捕獲篝輟為政治籌碼，為此開拓名為「人工來世」的小型都市用於實踐計劃。本為加島櫻的守護者，因長期相處成為戀人，但最終因為理念分歧漸行漸遠。遊戲地線拉攏瑚太朗請其擔任間諜調查和反對加島櫻，最後本人因為遇害，未能親眼見證自己的理念被瑚太朗等人實踐。

; {{nihongo|加島櫻|加島桜（かしま　さくら）|聲優：[[若林直美]]}}
: 蓋亞的聖女，擁有強大過人的智慧與能力，是遊戲本篇開始時唯一已知世界真實的人。現時已從前線退休，指定朱音為繼任者。年輕時期溫柔善良，但由於傳承自歷任聖女的記憶，導致其對世界從此陷入絕望，為達目的甚至不惜與世界為敵，企圖破壞篝的計劃阻止其建立可延續的世界。遊戲與動畫後期成為瑚太朗等人的主要敵人。原本和組織成員洲崎周一郎為戀人關係，但因為理念分歧導致雙方形同陌路。地線指使聖歌隊詠唱毀滅之歌發動救濟，最後因為瑚太朗忍痛殺害篝和加島櫻壽限已至，才制止救濟的發動。